良渚第二中学前身是1958年创建的余杭县三墩农业中学,当时校址位于三墩双桥莲池河头(今西湖区三墩镇双桥),1959年7月学校搬迁到勾庄公社沈港塘,同年学校被评为浙江省五所重点农业中学之一。1985年,勾庄乡、运河乡、肇和乡决定在原农校基础上联办中学,并正式定名为余杭县勾庄乡中学。2011年10月8日,学校从沈港塘整体搬迁到棕榈路103号新校区,之后期间命名为天阳学校,同年11月学校定名为余杭区良渚第二中学。
学校创建以来,坚持走名师兴教之路,始终坚持以“和谐进取、善人善事”为办学方向,以“求真、务实”为工作作风,以“安全、质量”为工作目标。2009年底,全校有教师67人,在校学生700余人。全校高级教师13人,一级教师38人,中、高级职称教师占全校教师总数的75%;现有市、区骨干教师22人,“教坛新秀”18人,杭州市级班主任1人,师资力量雄厚。优质的师资、踏实的教育理念和教育方法,使学校拥有良好的校风、校貌、校纪,并逐步形成特有的校园文化,师生奋斗着并快乐着。
学校现占地面积37670平方米,建筑面积26365平方米,整个校园分为教学区、活动区、生活区三大部分。其中教学区内有普通教室36个,理化生实验室共7个,音乐、美术、书法、地理、语言教室各2个,劳技教室2个,计算机教室3个,教师阅览室和学生阅览室各1个;学校还建有250米的塑胶跑道运动场1个,标准篮球场3个,标准排球场2个以及2518平方米的室内体育馆1个,学生运动设施;在生活区,建有食堂和宿舍楼各一栋。
学校坚持走铸造名校之路,近几年来,教学质量一直处在余杭区农村初中的前列。先后被评为:杭州市示范学校、杭州市心理辅导站、余杭区行为规范达标学校、余杭区文明单位、余杭区绿化达标学校、余杭区绿色学校、余杭区平安校园余杭区爱国卫生先进单位、余杭区示范家长学校、余杭区带工建“三级联创”先进基层单位、余杭区巾帼文明示范岗、良渚文化青少年研究和宣传基地等多项集体荣誉称号。
学校全面贯彻教育方针、大力推进素质教育,坚持走特色立校之路,面向全体学生,使学生在全面的基础上学有所长。学生的各类作品在各级报刊杂志发表数百篇,学生参加各级各类竞赛获奖达百余人次,学校体育工作一直走在余杭区的前列,从九七年开始连续在区运会上和环城越野赛中取得优异的成绩,并获得杭州市达标先进学校、余杭区群众体育先进单位等多项荣誉称号,同时学校被命名为余杭区体育传统项目学校。